日本的出入境事務由法務省及各地入國管理局負責管理，所依據的基本法為《出入國管理及難民認定法》。中國公民入境日本需持有效護照和簽證，并在入境口岸申請入境。入境時應填寫“入境卡”，入境目的要與簽證種類一致。入境者有義務提供個人生物識別信息（指紋、面部照片），否則將被拒絕入境。入境者應認真回答入境審查官提出的問題。即使持有日本駐華使領館頒發的簽證，但入境審查時，入國審查官有權拒絕當事人入境日本。

擬在日本連續居住3個月以上的外國人在入境日本時，需在入境審查部門辦理居留申報手續。自2012年7月9日起，日本將對在日中長期居留的外國人發行“在留卡”。自成田機場、關西機場入境的申報人員可當場領取“在留卡”，其它機場（港口）入境人員需入境后到居住地市政府領取。

入境后當事人要保管好護照和簽證，嚴格按所持簽證被賦予的資格合法從事工作、學習。在日本長期居住者，持在留卡離開日本，自離境之日起一年內（居留期限不足一年的在居留期限到期前）返回日本，原則上無需申請“再入國許可”，其他人員需事先向所在地入管局申請“再入國許可”，如未辦理再入國許可，將無法順利返回日本。

擬在日本當地打工補貼生活費的留學生，需事先向入管局申請“資格外活動許可”，方可合法地從事勤工儉學，如未申請資格外活動許可從事打工，一旦被入管局查出，有可能被強制遣返回國。外國籍夫婦在日本生了孩子，需在60天內向入管局申報，否則須60日內離開日本；如打算繼續在日本工作、學習，需申請延期在留期限；如與日本公民結了婚，需申請變更在留資格；如在日居住地發生變化，需在14日內向當地市政府申報。

關于外國人在日本居留涉及的法律問題，可直接向日本各地方入管局咨詢。